Jeho schopnost navodit relaxaci a zlepšit kvalitu spánku je připisována obsahu látek, které mají mírně sedativní účinky. Přestože je pelyněk známý svými pozitivními účinky na nervový systém, je důležité zdůraznit, že nadměrné a dlouhodobé užívání této byliny může mít nepříznivé účinky na lidský organismus, včetně závratí a křečí. Zejména těhotné ženy by se měly pelyňku vyhýbat, protože může vyvolat potrat.
V moderní době se pelyněk stal známým také díky své roli při výrobě absintu, alkoholického nápoje, který byl oblíbený zejména na přelomu 19. a 20. století. Přestože byl absint kvůli obavám z negativních účinků thujonu, látky obsažené v pelyňku, v minulosti zakázán, dnes je jeho výroba opět povolena s přísnými limity na obsah thujonu.
Při užívání pelyňku je nezbytné dbát na správné dávkování a konzultovat jeho použití s odborníkem, aby se předešlo možným nežádoucím účinkům.
